Na razie sprawa wygląda tak

Wystawiasz i przekazujesz fakturę.
Odbiorca podczas wykonywania przelewu (tylko !!!) będzie miał możliwość kwoty VAT z faktury przekazać na konto VAT, jeśli z niej nie skorzysta całość kwoty z faktury wpływa na rachunek główny.
Znając ludzi a przynajmniej osoby fizyczne nie będą się w to bawić dopóki nie zostaną zmuszeni.
Co do automatycznego podziału już na koncie chyba to nie wypali, bo i skąd bank ma wiedzieć na jaką kwotę VAT wystawiono fakturę.
Samo sprawdzanie wpłat VAT (bo i skąd będziesz wiedział czy kontrahent go uiścił ?) faktycznie będzie utrudnione przynajmniej w początkowej fazie.